¿Como se inserta el código JavaScript en html?

¿Como puedo insertar el código JavaScript dentro de mi documento HTML?
Para poder insertar un script en un documento html hay dos formas:

1.- En la cabecera con una etiqueta <script>

<script type ="text/javascript">
 alert("Hola mundo");
 </script>

2.-En un documento separado .js

En el documento html antes de cerrar la etiqueta body:

<script src="ruta/codigo.js"/>

Y en el documento codigo.js:

alert("Hola mundo");